Năm 1687, Mehmed IV bị đạo quân Yeğen Osman và Cấm vệ quân Janissary hạ bệ. Sau đó, ông bị giam vào Cung điện Topkapi, em ông là Suleiman II lên thay. Dù vậy, ông được cho phép rời khỏi cung điện, và qua đời ở cung điện Erdine. Ông được chôn cất ở lăng mộ của mẫu hậu Turhan Hadice Sultan, gần thánh đường của bà ở Constantinopolis. Ít lâu trước khi ông mất năm 1691, một mưu đồ được khám phá ra rằng một nhóm giáo sĩ thâm niên có ý định phục hồi ngai vàng cho Mehmed, trong khi Suleiman II bị yếu tim.